學校前身是1926年5月創(chuàng)辦的上海東南醫(yī)學院。1949年底，響應中共中央華東局面向農村，走向內地的號召，東南醫(yī)學院內遷安徽省，成為安徽省第一所高等醫(yī)科院校。1952年，改名為安徽醫(yī)學院。1985年更名安徽醫(yī)科大學。