“985工程”一期建設(shè)率先在北京大學(xué)和清華大學(xué)開始實(shí)施。2004年，根據(jù)《2003—2007年教育振興行動(dòng)計(jì)劃》，教育部、財(cái)政部印發(fā)《教育部、財(cái)政部關(guān)于繼續(xù)實(shí)施“985工程”建設(shè)項(xiàng)目的意見》，啟動(dòng)二期建設(shè)。

　　2010年，根據(jù)《國(guó)家中長(zhǎng)期教育改革和發(fā)展規(guī)劃綱要（2010—2020年）》，教育部、財(cái)政部印發(fā)《教育部、財(cái)政部關(guān)于加快推進(jìn)世界一流大學(xué)和高水平大學(xué)建設(shè)的意見》。

　　2011年12月30日，教育部部長(zhǎng)袁貴仁在十一屆全國(guó)人大常委會(huì)第二十四次會(huì)議時(shí)表示，不再新設(shè)這兩個(gè)工程的學(xué)校，同時(shí)為了注重學(xué)科導(dǎo)向，引入競(jìng)爭(zhēng)機(jī)制，實(shí)施了“985工程優(yōu)勢(shì)學(xué)科創(chuàng)新平臺(tái)”。

　　2016年06月7日，教育部官網(wǎng)發(fā)布了“關(guān)于宣布失效一批規(guī)范性文件的通知”，宣布《關(guān)于繼續(xù)實(shí)施“985工程”建設(shè)項(xiàng)目的意見》《“211工程”建設(shè)實(shí)施管理辦法》等一批規(guī)范性文件失效，已失效的規(guī)范性文件不再作為行政管理的依據(jù)。

　　2019年11月28日，教育部官網(wǎng)發(fā)布聲明：已將“211工程”和“985工程”等重點(diǎn)建設(shè)項(xiàng)目統(tǒng)籌為“雙一流”建設(shè)。