1957年，由鎮(zhèn)江遷至南京，更名為南京醫(yī)學院。1962年，被列為全國首批六年制醫(yī)藥院校。1981年，被批準為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，更名為南京醫(yī)科大學。

　　學校設(shè)有19個學院（包含康達學院）。擁有25所附屬醫(yī)院和50多所教學醫(yī)院。學校校本部現(xiàn)有在職教職工1700多人，其中學校編制專任教師884人。有教授215人、副教授305人，有博士生導師407人、碩士生導師1616人。

　　學校設(shè)有24個本科專業(yè)，1個九年本碩博一貫制專業(yè)方向、3個“5+3”本碩一體化專業(yè)方向。目前，在校生總數(shù)為1.7萬多人，已形成從本科生、研究生到博士后，從全日制到成人教育、留學生教育全方位、多層次的教育體系。

　　學校有一級學科博士學位授權(quán)點8個（生物學、基礎(chǔ)醫(yī)學、臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、藥學、醫(yī)學技術(shù)、護理學）、二級學科博士學位授權(quán)點54個、3個交叉學科博士學位授權(quán)點（臨床醫(yī)學工程、人文醫(yī)學、健康政策管理）。