第一臨床醫(yī)學院（第一附屬醫(yī)院）、第二臨床醫(yī)學院（第二附屬醫(yī)院）、第三臨床醫(yī)學院（附屬腫瘤醫(yī)院）、第四臨床醫(yī)學院（附屬中醫(yī)醫(yī)院）、第五臨床醫(yī)學院（第五附屬醫(yī)院）、第六臨床醫(yī)學院（第六附屬醫(yī)院）、新疆醫(yī)科大學第七附屬醫(yī)院、新疆醫(yī)科大學第八附屬醫(yī)院。

　　新疆醫(yī)科大學專業(yè)主要有：英語、生物醫(yī)學工程、臨床醫(yī)學、麻醉學、醫(yī)學影像學、口腔醫(yī)學、預防醫(yī)學、中醫(yī)學、針灸推拿學、維醫(yī)學、哈醫(yī)學、中西醫(yī)臨床醫(yī)學、藥學、中藥學、護理學、信息管理與信息系統(tǒng)、公共事業(yè)管理、針灸推拿、護理、人體解剖與組織胚胎學、免疫學、病原生物學、病理學與病理生理學、法醫(yī)學、放射醫(yī)學、航空、航天與航海醫(yī)學、口腔基礎醫(yī)學、口腔臨床醫(yī)學、流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計學、勞動衛(wèi)生與環(huán)境衛(wèi)生學、營養(yǎng)與食品衛(wèi)生學、兒少衛(wèi)生與婦幼保健學、衛(wèi)生毒理學、軍事預防醫(yī)學。