學校前身可溯源至1902年三江師范學堂農(nóng)業(yè)博物科和1914年金陵大學農(nóng)科。1952年全國高校院系調整時，南京大學農(nóng)學院和金陵大學農(nóng)學院，以及浙江大學農(nóng)學院部分系科，合并成立南京農(nóng)學院；1963年被確定為全國重點高校；1972年遷至揚州與蘇北農(nóng)學院合并，成立江蘇農(nóng)學院；1979年遷回南京，恢復南京農(nóng)學院；1984年更名為南京農(nóng)業(yè)大學；2000年由農(nóng)業(yè)部整建制劃轉教育部管理。

　　學校擁有衛(wèi)崗校區(qū)、浦口校區(qū)和白馬教學科研基地，總面積9平方公里，建筑面積74萬平方米；設有20個學院（部），65個本科專業(yè)；有博士后科研流動站15個，一級學科博士授權點17個，一級學科碩士授權點30個，專業(yè)學位碩士點20個；有一級學科國家重點學科4個，二級學科國家重點學科3個，國家重點（培育）學科1個；有全日制本科生17000余人，研究生9000余人，教職員工2700余人。