校本部位于“九省通衢”的湖北省武漢市，占地140多萬平方米。海軍工程大學擁有5個一級學科（含15個二級學科）和6個獨立二級學科碩士學位授權點、5個一級學科（含25個二級學科）和3個獨立二級學科博士學位授權點，并設有7個博士后科研流動站。1997年在全國首批獲得工程碩士專業(yè)學位授予權，2014年獲軍事碩士、工程管理碩士專業(yè)學位授予權。大學擁有2個國家重點學科、10個軍隊“2110工程”重點學科專業(yè)領域、8個海軍重點建設學科專業(yè)、7個湖北省一級學科重點學科。海軍第一個本科專業(yè)、第一個碩士點、博士點、博士后科研流動站和全國重點學科均出自該校。