蚌埠學院現有機械與車輛工程學院、電子與電氣工程學院、食品與生物工程學院、計算機工程學院、材料與化學工程學院、理學院、土木與水利工程學院、經濟與管理學院、藝術設計學院（現代藝術中心）、外國語學院、文學與教育學院、音樂與舞蹈學院、馬克思主義學院、體育教學部14個二級學院（教學部），另設有安徽開放大學蚌埠分校（含安徽廣播電視大學蚌埠分校、繼續(xù)教育學院），開設本科專業(yè)53個，其中省級特色專業(yè)6個、省級綜合改革試點專業(yè)12個、省級卓越人才教育培養(yǎng)計劃試點專業(yè)6個、省級首批人才創(chuàng)新試驗區(qū)專業(yè)2個。涵蓋工學、理學、管理學、文學、藝術學、教育學、醫(yī)學、經濟學八大學科門類，其中工科專業(yè)28個，形成了以工為主、多學科協調發(fā)展，與區(qū)域行業(yè)產業(yè)發(fā)展契合度較高的學科專業(yè)體系。