電子顯微鏡所用的照明源是電子槍發(fā)出的電子流，而光學顯微鏡的照明源是可見光(日光或燈光)，由于電子流的波長遠短于光波波長，故電子顯微鏡的放大及分辨率顯著地高于光鏡。

　　電子顯微鏡中起放大作用的物鏡是電磁透鏡(能在中央部位產(chǎn)生磁場的環(huán)形電磁線圈)，而光學顯微鏡的物鏡則是玻璃磨制而成的光學透鏡。電子顯微鏡中的電磁透鏡共有三組，分別與光學顯微鏡中聚光鏡、物鏡和目鏡的功能相當。

　　總之，光學顯微鏡看到細胞的顯微結(jié)構(gòu)，電子顯微鏡可以看到亞顯微結(jié)構(gòu)。