1、定義性不同：中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)，簡稱中國科大，由中國科學(xué)院直屬，中央直管副部級建制；中國科學(xué)院為中國自然科學(xué)最高學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)、科學(xué)技術(shù)最高咨詢機(jī)構(gòu)、自然科學(xué)與高技術(shù)綜合研究發(fā)展中心；中國科學(xué)院大學(xué)簡稱“國科大”，為國家教育部正式批準(zhǔn)成立的一所以研究生教育為主、科教融合為特色的創(chuàng)新型高等學(xué)府。2、主要方向不同：中科大為一所以前沿科學(xué)和高新技術(shù)為主、兼有特色管理和人文學(xué)科的綜合性全國重點(diǎn)大學(xué)；中科院負(fù)責(zé)對國家科學(xué)技術(shù)發(fā)展規(guī)劃、計(jì)劃和重大科學(xué)技術(shù)決策提供咨詢；國科大為科技大學(xué)聯(lián)盟成員高校，國務(wù)院學(xué)位辦授權(quán)學(xué)位自主審核的20所高校之一。 3、發(fā)展情況不同：中科大利用中國科學(xué)院自身優(yōu)勢，創(chuàng)辦一所培養(yǎng)新興、邊緣、交叉學(xué)科尖端技術(shù)科技人才的新型大學(xué)；中國科學(xué)院成立為政務(wù)院下設(shè)單位，行使管理全國科學(xué)研究事業(yè)的政府行政職能；中國科學(xué)院為培養(yǎng)科學(xué)研究人才招收研究實(shí)習(xí)員，教育部為培養(yǎng)高等學(xué)校的師資招收研究生。